Lõuna-Soome ja Eesti INTERREG III A programmi abikõlblikeks partneriteks ERDF toetuse saamiseks oli avalik- õiguslikud asutused ja organisatsioonid ning nendega võrdsustatud asutused ja organisatsioonid (public equivalent bodies). Avaliku sektoriga võrdsustatud asutused ja organisatsioonid pidasid vastama järgmistele tingimustele:
a) oli loodud avalikes huvides ja ei omanud tööstuslikku- või ärilist iseloomu ja
b) oli juriidilised isikud,
- mida rahastati põhiliselt riigi-, regionaal- või munitsipaalasutuste või teiste avalik-õiguslike institutsioonide poolt või
- mille juhtimist kontrolliti eelpoolnimetatud isikute poolt või
- mille rohkem kui pooled juht- või järelevalveorganite liikmetest oli nimetatud riigi-, regionaalsete või kohalike või teiste avalik-õiguslike institutsioonide poolt.
Eraisikud ja -ettevõtted ei olnud programmis abikõlblikud. Erandi moodustasid Soome eraettevõtted, kelle omafinantseering oli abiklõlblik tulenevalt programmidokumendi lisa 11.6 (programmitäiendi lisa 2) loetletud Soome riigiabiskeemidest.
ABIKÕLBLIKUD PARTNERID VÕISID OLLA:
- Riiklikud, regionaalsed ja kohalikud avaliku võimu institutsioonid (nt ministeeriumid, maavalitsused, kohalikud omavalitsused, ametid)
- Avalik-õiguslikud haridus- ja uurimisasutused
- "Public equivalent" definitsioonile vastanud mittetulundusühingud ja sihtasutused
- Soomes teatud juhtudel eraettevõtted
Kui partnerite abikõlblikkus ei olnud üheselt tuvastatav, lahendas programmi korraldusasutus Varsinais-Suomen liitto probleemi Soome ja Eesti siseministeeriumide abiga. Abikõlblikkust kontrolliti kõnealuse organisatsiooni kohta mittetulundusühingute ja sihtasutuste registrisse või äriregistrisse tehtud kannete (tegevuse iseloom, juhtimis- ja järelevalveorganid, põhikiri, liikmeskond) ning majandusaruannete põhjal (tegevuste finantseerimise allikad kolme viimase aasta jooksul).
Mitteabikõlblikud partnerid said projektides osaleda lisapartnerina, rahastades oma tegevusi omavahenditest. Nende rahaliselt panuselt ERDF toetust ei arvestatud.